洁净车间交叉污染的发生是所有拥有洁净室的用户的一大烦恼。洁净室交叉污染是指通过人员往返、工具运输、物料传递、空气流动、设备清洗与消毒、岗位清场等途径，将不同品种产品的成分混入导致污染，或因人为、工器具、物料、空气等不恰当的流向，使洁净度低的区域的污染物传入洁净度高的区域，而造成交叉污染。那么，如何防止交叉污染呢？根据《洁净厂房设计规范》明确指出，洁净工程“工艺平面布置应合理、紧凑。洁净室或洁净区内只布置必要的工艺设备以及有空气洁净度要求的工序和工作室”。
一、合理布置洁净室面积
    合理布局首先要理顺工艺流程，避免迂回往返。工作室的平面空间应合理，既有利于操作，又便于维修，不应预留闲置面积和空间。合理的空间与面积，也有利于合理的分区，防止混杂事故。不同行业所需要的空气洁净度不一样，有些行业都需要高洁净度，有些行业没有那么高的洁净度需求，根据生产需求设置合理的过滤器，尤其是化学、药品等，设置高效的过滤设备，减少药品对室内造成污染，影响洁净室的清洁度。
    应该引起注意的是：洁净室并非越大越好，面积和空间的大小关系着送风量的多少，决定着空调能耗的大小，影响工程的投资。但洁净室的空间面积也不可太小，太小可能不便于操作、维修。所以，设计合理的空间面积应考虑到设备操作、维修的需要。生产区和储存区应有与生产规模相适应的空间面积，用以安置设备、物料，便于操作和维修。一般洁净室高度控制在2.60米，对个别较高的设备可在局部加高，而不宜全面提高洁净区的高度。车间内部应设有物料的中间站，其面积足以存放物料、中间产品、待验品和成品，且便于明确分区，以最大限度地减少差错和交叉污染。

二、提高设备水平
    设备的材质、加工精度、密闭程度以及管理制度都与交叉污染有关。所以除了合理布局外，提高设备的自动化水平和组成联动的生产线，以减少操作人员，降低人员的活动频率，是防止交叉污染的必要措施。
    一些产品的产尘量较大。如何防止长产尘量较大的产品生产时发生交叉污染呢?首先，选购的设备应有防护罩及携带有除尘装置;其次，要采取隔离措施，将其分成操作室和前室或操作室和辅机室。前室在平面布置上一般采用单机单室，辅机室可设在非洁净区，检修门设在走廊一侧。对于有些不带除尘辅机设备又不密封的单机，则可把隔离区内的排风经过滤后再送回隔离区，即形成自循环。
    在生产过程中，有些产品引湿性强，当要求空气相对湿度低于50%甚至45%时，冷冻除湿很难达到要求。在许多除湿措施中，氯化锂转轮除湿较适用。除湿机可装在有特殊除湿要求的洁净室，以净化的空气作为该岗位低湿的保护性空气，自成一个循环系统。
    不同的行业生产所需要的不同的生产设备，设备的布置不合适也会出现交叉污染的情况，避免工作人员多走动而出现污染情况，可以提升生产设备的自动化和生产线构成，这样可以减少工作人员活动范围和活动频率，这样可以提高生产效率，时防止出现交叉污染的必要措施。
三、分设空调净化系统
    洁净室的空调净化系统应根据不同的洁净度等级分设。对会有异味、有毒、有害气体产生的工作室，应设置空调净化系统，其排风口应安装高效过滤设备，以将这些药物的污染降至最低限度。对不同洁净度等级的洁净室，产生粉尘和有害气体的洁净室，被排介质毒性大的、有易燃易爆气体的岗位，应单独设局部排风系统。洁净室的排风口应有防倒灌装置。送风、回风和排风的启闭应有连锁装置。

四、严格控制人流物流
    洁净室应设专用的人流、物流通道。人员应按规定的净化程序进入，保证外界的污染物不会随着人员进入到洁净室，工作人员需要按照净化程序进入到洁净室，严格控制净化的数量。
对于物料可在除去浮尘后拆去外包通过缓冲间或传递窗送入。
    不同洁净等级的洁净区物品则通过传递窗传送。物料不能直接进入洁净室，物料进入风淋室吹走物料表面的粉尘，在进入到转送箱，中间站宜设在中心位置，以便缩短运送距离。洁净区内不设与本岗位无关的管道。充分利用上下或周围的技术夹层，所有公用管道、工艺管道的主干管均在技术夹层安装。穿越地面、隔墙的管道尽可能靠近使用点并敷设套管，套管内的管道不应有焊缝，管道与套管之间应有可叉的密封措施。进入洁净室的管道应为不锈钢材质。