生物洁净室主要应用于无菌手术室、病房、制药洁净车间、化妆品生产净化车间、食品行业生产车间、医学实验室及要求控制室内细菌含量的无菌洁净场合。其又分为一般生物洁净室和生物安全洁净室。工业生产类的洁净室均为一般生物洁净室，如：化妆品生产车间、食品工业洁净车间、制药厂（高纯度、无菌制剂）等。生物安全洁净室主要用于研究试验设施（细菌学、生物学洁净室）、生物工程（基因重组、疫苗制备）等。