1、控制对象
    工业洁净室以无生命微粒（包括无机微粒和有机微粒）为控制对象。
    生物洁净室以有生命微粒(单细胞藻类、菌类、原生动物、细菌和病毒等)为控制对象。
    2、应用行业
    工业净化车间主要应用于电子工业(集成电路、精密电子、光电行业等)、印刷工业、精密工业、原子能工业等。
    生物洁净车间主要应用于无菌手术室、病房、制药洁净车间、化妆品生产净化车间、食品行业生产车间、医学实验室等及要求控制室内细菌含量的无菌洁净场合。
    3、压差控制
    生物洁净车间又分为一般生物洁净室和生物安全洁净室(如青霉素生产车间、艾滋病防治的研究实验室等)，一般生物洁净室的压差为正压，生物安全洁净室为负压。
    关于一般生物洁净车间和生物安全洁净车间的区别可参照：http://www.021zhuang.com/news-shows-czo1OiIzNjh8MSI7.html
    工业洁净车间压差一般为正压。
    4、清洁方式

    生物洁净车间和工业洁净车间都要应用清除空气中微粒的原理，因此在本质上它们是一样的，所不同的是控制参数中增加了控制室内细菌的浓度。在一般情况下，洁净度、细菌的浓度较之温度、湿度的控制更为重要。而细菌本身是有大小的，且细菌多以尘粒为寄存体，因此采用空气净化措施，控制室内的洁净度就能控制室内的含菌量，到达无菌的目的，当然还要采取一些其他净化措施。对于付于表面的微粒，工业洁净室一般采用擦洗的方法就可大大减少表面上的微粒数量，而生物洁净室是针对有生命的微粒，一般擦洗可能给微粒带来生命和营养，反而促进其繁殖，增加微粒菌类的数量。因此，对于生物洁净室来说，必须用表面消毒的办法来取代一般的擦洗。